|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Uspořádaná a neuspořádaná pole koloidních nanočástic a jejich využití pro detekci biomolekul
Ligmajer, Filip ; Rezek, Bohuslav (oponent) ; Kolíbal, Miroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá depozicí zlatých nanočástic na křemíkové povrchy pomocí řízeného uspořádávání z jejich koloidních roztoků a možným uplatněním nanočástic v detekci biomolekul. Bylo ukázáno, že upravením pH roztoku a modifikací povrchových chemických skupin pomocí expozice vzorku elektronovým svazkem je možné dosáhnout depozice nanočástic do polí s velkou přesností. Spektroskopická elipsometrie byla poté využita k analýze připravených vrstev nanočástic a její kombinace s teorií efektivních prostředí prokázala schopnost určit rozměry nanočástic a jejich koncentraci na povrchu. Za pomocí experimentů s thiolovanými oligonukleotidy bylo ukázáno, že s pomocí elipsometrie lze detekovat i malé změny v okolí nanočástic způsobené přítomností biomolekul, což může umožnit její využití v oblasti biodetekce.
|
|
|
Vývoj HPLC metody pro monitorování přípravy oligodeoxynukleotidových sond
Šemlej, Tomáš ; Kučera, Radim (vedoucí práce) ; Pilařová, Pavla (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Mgr. Tomáš Šemlej Vedoucí rigorózní práce: doc. PharmDr. Radim Kučera, Ph.D. Název rigorózní práce: Vývoj HPLC metody pro monitorování přípravy oligodeoxynukleotidových sond Uměle připravená oligodeoxynukleotidová sekvence s navázanou značkou je označována jako molekulární sonda. Molekulární sondy se uplatňují především ke kvantifikaci multiplikace při RT-PCR a identifikaci mutací při PCR analýzách. Typicky existují dva druhy molekulárních sond - jednoduše značené molekulární sondy a dvojitě značené molekulární sondy. Jednoduše značené molekulární sondy obsahují oligodeoxynukleotidovou sekvenci s navázaným fluoroforem nebo zhášečem. Zatímco dvojitě značené molekulární sondy se skládají z oligodeoxynukleotidové sekvence s navázaným fluoroforem na jednom konci a se zhášečem navázaným na druhém konci řetězce. V této práci jsme nejprve věnovali pozornost separaci dvojitě značených oligodeoxynukleotidů od jednoduše značených oligodeoxynukleotidů. Byly testovány různé typy stacionárních fází a pro separaci směsi značených oligodeoxynukleotidů byla vybrána kolona Clarity® Oligo-RP™, která byla selektivní ke všem testovaným standardům. V další části jsme se zaměřili na monitorování...
|
|
|
Synthesis, Biological Profiling and Photophysical Properties of Polycyclic Hetero-Fused 7-Deazapurine Nucleosides
Yang, Chao ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Soural, Miroslav (oponent) ; Nencka, Radim (oponent)
Tato práce popisuje syntézu, fotofyzikálnívlastnosti a biologické testování několika sérií polycyklických hetero-fúzovaných 7-deazapurinových nukleosidů. Modifikované7-deazapurinové ribonukleosidy vykazují různé biologické účinky. Např. nukleosidy nesoucí 7-deazapurin anelovaný s malými (hetero)aromatickými kruhy vykázaly submikromolární cytostatické účinky nebo antivirové aktivity. Proto byly navrženy a připraveny dvě izomerní řady nových benzothieno-fúzovaných deazapurinových nukleosidů jako objemnější analogy cytotoxických thieno-fúzovaných nukleosidů a heteroanalogy antivirových nafto-fúzovaných nukleosidů. Cílem první části mé práce bylo syntetizovat tyto cílové sloučeniny. Klíčové kroky zahrnují Negishiho kapling pyrimidinylzinku s jodobenzothiofenem, tepelnou nebo fotochemickou cyklizaci, glykosylaci a konečnou derivatizaci. Furylové a benzofurylové deriváty vykazovaly mírné protirakovinné a anti-HCV aktivity. Většina volných nukleosidů vykazovala střední až silnou fluorescenci a odpovídající2'-deoxyribonukleosidtrifosfát byl inkorporován do modifikovanéDNA a byly studovány jejífluorescenční vlastnosti. Tri- a tetracyklické kondenzovanénukleobáze mohou být syntetizovány buď vícestupňovým heterocyklizačním přístupem nebo cross-couplingem pyrimidinylzinku s hetarylhalogenidy, ale pro některé...
|
|
|
Study of biomolecular interactions by the method of surface plasmon resonance
Bocková, Markéta ; Homola, Jiří (vedoucí práce)
Název práce: Biomolekularní interakce a jejich studium metodou rezonance povrchových plasmonů Autor: Markéta Bocková Katedra / Ústav: Katedra Biochemie, PřF UK Vedoucí diplomové práce: Prof. Ing. Jiří Homola, CSc., DSc., Ústav fotoniky a elektroniky Akademie věd České Republiky Abstrakt: Diplomová práce se zabývá využitím metody rezonance povrchových plazmonů (SPR) pro studium dvou typů biomolekulárních interakcí: hybridizace částečně komplementárních oligonukleotidů (ON) a interakcí enzymů a peptidů, které hraji roli v patogenezi Alzheimerovy nemoci (AD). Studium interakcí ON se konkrétně zaměřuje na určení kinetických parametrů procesu hybridizace. Z výsledků vyplývá, že rovnovážná asociační konstanta klesá se zvyšující se hustotou ON na povrchu senzoru. V rámci studia interakcí molekul souvisejících s patogenezí AD je navržena a vyvinuta metoda pro rychlou a citlivou detekci enzymu 17-HSD10 a jeho komplexu s peptidy amyloidu β (Aβ). Zároveň je ukázáno, že navržená metoda umožňuje detekci komplexu 17-HSD10/Aβ v klinických vzorcích mozkomíšního moku (MM) a že vzorky MM pacientů trpících AD obsahují vetší množství komplexu 17-HSD10/Aβ než kontrolní vzorky. Výsledky prezentované v této diplomové práci byly publikovány ve dvou mezinárodních vědeckých časopisech. Klíčová slova: rezonance povrchových...
|
|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Study of biomolecular interactions by the method of surface plasmon resonance
Bocková, Markéta ; Homola, Jiří (vedoucí práce)
Název práce: Biomolekularní interakce a jejich studium metodou rezonance povrchových plasmonů Autor: Markéta Bocková Katedra / Ústav: Katedra Biochemie, PřF UK Vedoucí diplomové práce: Prof. Ing. Jiří Homola, CSc., DSc., Ústav fotoniky a elektroniky Akademie věd České Republiky Abstrakt: Diplomová práce se zabývá využitím metody rezonance povrchových plazmonů (SPR) pro studium dvou typů biomolekulárních interakcí: hybridizace částečně komplementárních oligonukleotidů (ON) a interakcí enzymů a peptidů, které hraji roli v patogenezi Alzheimerovy nemoci (AD). Studium interakcí ON se konkrétně zaměřuje na určení kinetických parametrů procesu hybridizace. Z výsledků vyplývá, že rovnovážná asociační konstanta klesá se zvyšující se hustotou ON na povrchu senzoru. V rámci studia interakcí molekul souvisejících s patogenezí AD je navržena a vyvinuta metoda pro rychlou a citlivou detekci enzymu 17-HSD10 a jeho komplexu s peptidy amyloidu β (Aβ). Zároveň je ukázáno, že navržená metoda umožňuje detekci komplexu 17-HSD10/Aβ v klinických vzorcích mozkomíšního moku (MM) a že vzorky MM pacientů trpících AD obsahují vetší množství komplexu 17-HSD10/Aβ než kontrolní vzorky. Výsledky prezentované v této diplomové práci byly publikovány ve dvou mezinárodních vědeckých časopisech. Klíčová slova: rezonance povrchových...
|
|
|
Uspořádaná a neuspořádaná pole koloidních nanočástic a jejich využití pro detekci biomolekul
Ligmajer, Filip ; Rezek, Bohuslav (oponent) ; Kolíbal, Miroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá depozicí zlatých nanočástic na křemíkové povrchy pomocí řízeného uspořádávání z jejich koloidních roztoků a možným uplatněním nanočástic v detekci biomolekul. Bylo ukázáno, že upravením pH roztoku a modifikací povrchových chemických skupin pomocí expozice vzorku elektronovým svazkem je možné dosáhnout depozice nanočástic do polí s velkou přesností. Spektroskopická elipsometrie byla poté využita k analýze připravených vrstev nanočástic a její kombinace s teorií efektivních prostředí prokázala schopnost určit rozměry nanočástic a jejich koncentraci na povrchu. Za pomocí experimentů s thiolovanými oligonukleotidy bylo ukázáno, že s pomocí elipsometrie lze detekovat i malé změny v okolí nanočástic způsobené přítomností biomolekul, což může umožnit její využití v oblasti biodetekce.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.